回答：住居でもあり個人の自由がどこまで制限できるかは難しいところであると思います。

現段階で、喫煙者が入寮されているのであれば、宿泊施設のように、禁煙・喫煙可と部屋を分けるのはいかがでしょう。

また、新規入所者は非喫煙者で募集をかけていく（書面できちんと示して）…というのも可能であれば一つの方法かと考えます。

マンションなどでは、家主の方針によって全室禁煙とされているところもあるそうです。

喫煙者には、禁煙支援を事業所全体で取り組むことも大切であると思います。